White rust survey

Qui suis-je?

 

Après un Master en Génétique des populations et Evolution obtenu à l'Université de Lille 1 en France, j'ai commencé la thèse "Adaptive evolution of the plant pathogen Albugo candida" en décembre 2012 à l'Université de Norwich (University of East Anglia) et au Sainsbury Laboratory. Plus particulièrement, j'étudie les mécanismes qui entrent en jeu dans l'évolution des gènes que l'on dit "engagés dans une couse à l'armement" (par ex. les gènes effecteurs d'Albugo candida vs. les gènes de résistance de ses hôtes). Ce concept de "course à l'armement", souvent décrit par l'hypothèse de la reine rouge, est à la base de l'évolution de systèmes tels que Albugo candida/Brassicaceae, Puccinia spp./Poaceae et les pathogènes des vertébrés/le complexe majeur d'histocompatibilité que j'ai etudié ou que j'étudie encore maintenant.

 

Pourquoi ai-je besoin de votre aide?

 

J'ai échantillonné Albugo candida sur différentes plantes hôtes en France, en Angleterre, en Pologne, en Irlance et en Ecosse. Un carte des échantillons déjà collectés est disponible ici. Cependant, j'ai besoin d'un maximum d'échantillon afin d'avoir l'image la plus précise possible du pathogène, de la structuration de ses populations, de l'évolution de son génome... Au plus, au mieux! Si vous pouviez collecter des infections que vous avez reperé en vous baladant, en allant chez des amis ou au travail, ou si vous en avez simplement trouvé dans votre jardin, cela m'aiderait beaucoup!

 

Et les échantillons?

 

L'ADN sera extrait des échantillons directement. Une technique de séquençage ciblé sera utilisée pour "capturer" les gènes des 54 pathogènes (si dans les échantillons, MYcroarray). Par exemple, 187 gènes d'Albugo candida sont ciblés (~660,000 bp), 4 gènes MLST de 30 espèces de bactéries, ainsi que la séquence ITS des hôtes, barcoding moléculaire utilisé pour l'identification des plantes. Le but de cette méthode est de pouvoir étudier Albugo candida mais aussi les pathogènes qui lui sont potentiellement associés. Les gènes ciblés sont alors amplifiés par PCR avant d'être séquencés. 22 échantillons ont été séquencés avec succès et une centaine d'échantillons seront bientôt séquencés, sur 2 lanes de séquençage.

N'hésitez pas à me contacter si vous voulez en savoir plus sur cette méthode!